Jokaisen apurahahakemuksen arvioi itsenäisesti vähintään kaksi asiantuntijaa. Molemmat arvioijat antavat hakemukselle pisteytyksen asteikolla 1 (huono) - 5 (poikkeuksellisen hyvä). Tämän jälkeen kaikki hakemukset käsitellään seuran hallituksen kokouksessa. Rahoituspäätöksiä valmisteltaessa tärkein arviointikriteeri on hakemuksen tieteellinen laatu. Ensisijaisesti rahoitusta myönnetään vain sellaisille apurahahakemuksille, jotka ovat saaneet kummaltakin arvioijalta vähintään arvosanan hyvä (3).

Tieteelliseltä tasoltaan samanarvoisten tutkimusapurahahakemusten arvioinnin jatkokriteerejä ovat tutkimuksen uutuusarvo ja se että haetulla rahoituksella voidaan toteuttaa itsenäinen, julkaisuun johtava tutkimuskokonaisuus; osatutkimuksia ei tueta kuin erikoistapauksissa. Tieteenalakohtaisia kiintiöitä ei käytetä, mutta metsätieteiden eri aloja pyritään tukemaan tasapuolisesti. Joidenkin rahastojen säännöissä asetetaan etusijalle tutkijanuran alkuvaiheessa olevien tutkijoiden tukeminen.

Tieteelliseltä tasoltaan samantasoisissa matka-apurahahakemuksissa asetetaan etusijalle hakijat, joiden suullinen esitys tai posteri on jo hyväksytty esitettäväksi kokouksessa, tai jotka pitävät kutsutun esityksen, mutta kokouksen järjestäjä ei maksa matkakuluja. Matka-apurahoja myönnetään ensisijaisesti tutkijanuran alkuvaiheessa oleville tutkijoille. Varttuneiden tutkijoiden matkoihin myönnetään apurahaa yleensä vain, jos hakija pitää kutsutun esityksen.

Rahoitettaviksi valitaan SMS:n eri apurahamuotoihin kohdentuvista hakemuksista paremmuusjärjestyksessä sellainen hakemusten määrä, joiden yhteinen kokonaisrahoitus vastaa suunnilleen Seuran hallinnoimien rahastojen pitkän ajan keskimääräistä tuottoa.

IUFRO-toimikunnan apurahahakemusten rahoituspäätöksiä tehtäessä asetetaan etusijalle IUFRO:n toimihenkilöt. Toimihenkilön on kuitenkin osoitettava, että hänellä on aktiivinen rooli tilaisuudessa, johon osallistumista varten hän hakee apurahaa.