Suomen Metsätieteellinen Seura hallinnoi viittä nimikkorahastoa ja Juhlarahastoa. Nimikkorahastojen tarkoitus on edistää suomalaista metsätieteen tutkimusta. Juhlarahasto tukee metsäntutkimusta ja metsätiedettä hieman yleisemmin. Seuran vanhin rahasto, alkuperäiseltä nimeltään Lauri Ilvessalon Metsätieteellinen Tutkimusrahasto, perustettiin jo vuonna 1933. Seuran hallinnoimien rahastojen pääoma oli vuoden 2008 lopussa yhteensä noin 2,5 miljoonaa euroa.

Nimikkorahastot

A. K. Cajanderin rahasto

Rahasto tukee suomalaista metsätieteellistä tutkimusta. Etusija annetaan sellaisille eteville tutkijoille, jotka jatkavat ja täydentävät A. K. Cajanderin perustavaa tutkimustyötä.

Perustettu vuonna 1943 kunnioittamaan Suomen Metsätieteellisen Seuran perustajan ja kunniapuheenjohtajan A. K. Cajanderin uraa uurtavaa metsätiedemiehen elämäntyötä. Cajander kehitti 1900-luvun alkupuolella metsätyyppiteoriaa, oli perustamassa Metsätieteellistä koelaitosta sekä toimi muun muassa Helsingin yliopiston professorina ja Metsähallituksen ylijohtajana. Rahaston pääoma on noin 500 000 euroa.

Werner Cajanuksen rahasto

Rahaston tarkoituksena on suomalaisen metsänarvioimistieteen tai metsätalouden suunnittelun, ja erityisesti alalla toimivien nuorten tutkijoiden, tukeminen. Rahaston varoja voidaan käyttää myös edellä mainittuihin tutkimusaloihin liittyvien ansiokkaiden opinnäytetöiden palkitsemiseen.

Perustuu professori Pekka Kilkin testamenttiin ja lahjoitukseen vuonna 1991. Werner Cajanus oli ensimmäinen kansainvälisesti tunnettu suomalainen metsänarvioimistieteen edustaja. Rahaston pääoma on noin 100 000 euroa.

Helvi ja Viljo Holopaisen rahasto

Rahaston tarkoituksena on erityisesti nuorten metsäntutkijoiden tutkimustyön ja jatko-opintojen edistäminen sekä ansiokkaiden tutkimusten palkitseminen. Perustuu professori Viljo Holopaisen ja hänen puolisonsa Helvi Holopaisen vuonna 1989 tekemään lahjoitukseen ja sitä seuranneisiin lisälahjoituksiin. Rahaston pääoma on lähes 200 000 euroa.

Lauri ja Yrjö Ilvessalon tutkimusrahasto

Rahasto tukee suomalaista metsätieteellistä tutkimusta. Suomen Metsätieteellinen Seura perusti rahaston vuonna 1933 lähinnä jäsentensä antamien lahjoitusten turvin. Rahasto nimettiin sen perustamisajatuksen ensimmäisen esittäjän, tohtori Lauri Ilvessalon mukaan. Vuonna 1953 rahaston alkuperäinen nimi (Lauri Ilvessalon Metsätieteellinen Tutkimusrahasto) muutettiin nykyiseksi. Rahaston pääoma on lähes 200 000 euroa.

Eino Saaren rahasto

Rahaston tarkoituksena on tukea ja edistää metsätieteen opiskelijoiden tai opinnot jo suorittaneiden pyrkimyksiä hankkia metsätutkinnon vähimmäisvaatimukset ylittävää, metsätalouden kannalta tärkeää kielitaitoa tai muita tietoja ja taitoja, jotka tähtäävät lähinnä muuhun kuin tieteellisiin jatko-opintoihin. Apurahaa voivat anoa yksityiset henkilöt.

Liikemetsänhoitajat ry, Suomen Metsänhoitajaliitto ry ja Suomen Metsätieteellinen Seura perustivat rahaston vuonna 1969 professori Eino Saaren täyttäessä 75 vuotta. Rahaston alkupääoma saatiin lahjoituksina edellä mainittujen yhdistysten jäseniltä sekä yhteisöjen tekemistä lahjoituksista. Rahaston pääoma on noin 100 000 euroa.

Juhlarahasto

Rahaston tarkoitus on edistää suomalaista metsätieteellistä tutkimusta. Apurahoja myönnetään metsätieteellisiin tutkimuksiin, mutta rahaston varoja voidaan käyttää myös tutkimustyön palkitsemiseen, tutkimustulosten julkistamiseen ja tiedottamiseen sekä muihin metsätiedettä edistäviin tarkoituksiin. Rahaston varoista voidaan myöntää myös Aarne Nyyssösen nimeä kantava stipendi, jolla tuetaan nuorten tutkijoiden osallistumista kansainväliseen yhteistyöhön ja IUFROn (International Union of Forest Research Organizations) toimintaan.

Rahasto perustuu Suomen Metsätieteellisen Seuran 50-vuotisjuhliensa yhteydessä vuonna 1959 saamiin lahjoituksiin, metsäneuvos O. J. Lakarin perikunnan testamenttilahjoitukseen, professori O. J. Lukkalan muistoksi koottuihin varoihin sekä Kansallis-Osake-Pankin tekemään lahjoitukseen. Rahaston pääoma on noin 1,5 miljoonaa euroa.